激光扫描共聚焦显微镜的应用范围广泛，包括多种在神经解剖学和神经生理学研究，以及广泛的细胞和组织形态学研究。此外，越来越多地使用新的荧光蛋白耦合这些有用的工具，以现代微观调查的原始研究报告的数量迅速扩大。其他应用包括共振能量转移，干细胞研究，漂白研究，寿命成像，多光子显微镜，全内反射，DNA杂交，膜和离子探测器，发光蛋白，抗原表位标记。这些强大的技术中有许多是在下面列出的部分。
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