扫描探针显微镜以其辨别率极高（原子级分辩率）、实时、实空间、原位成像，对样品无特别请求（不受其导电性、干燥度、外形、硬度、纯度等限制）、可在大气、常温环境甚至是溶液中成像、同时具备纳米把持及加工功效、体系及配套相对简略、便宜等长处，普遍利用于纳米科技、资料科学、物理、化学和性命科学等范畴，并取得很多主要结果。
SPM作为新型的显微工具与以往的各种显微镜和剖析仪器相比有着其显明的上风：
首先，SPM具有极高的辨别率。它可以轻易的“看到”原子，这是一般显微镜甚至电子显微镜所难以到达的。
其次，SPM得到的是实时的、真实的样品表面的高辨别率图像。而不同于某些剖析仪器是通过间接的或盘算的方式来推算样品的表面构造。也就是说，SPM是真正看到了原子。
再次，SPM的应用环境宽松。电子显微镜等仪器对工作环境请求比拟刻薄，样品必需安置在高真空条件下才干进行测试。而SPM既可以在真空中工作，又可以在大气中、低温、常温、高温，甚至在溶液中应用。因此SPM实用于各种工作环境下的科学试验。
SPM的运用范畴是宽广的。无论是物理、化学、生物、医学等基本学科，还是资料、微电子等利用学科都有它的用武之地。
SPM的价钱相对于电子显微镜等大型仪器来讲是较低的。
任何事物都不是十全十美的一样，SPM也有令人遗憾的处所。由于其工作原理是把持具有必定质量的探针进行扫描成像，因此扫描速度受到限制，测效力较其他显微技巧低；由于压电效应在保证定位精度条件下活动规模很小（目前难以突破100μm量级），而机械调节精度又无法与之连接，故不能做到象电子显微镜的大范畴持续变焦，定位和寻找特点构造比拟艰苦；
目前扫描探针显微镜中Zui为普遍应用管状压电扫描器的垂直方向伸缩范畴比平面扫描规模一般要小一个数目级，扫描时扫描器随样品表面起伏而伸缩，假如被测样品表面的起伏超越了扫描器的伸缩范畴，则会导致体系无法正常甚至破坏探针。因此，扫描探针显微镜对样品表面的粗糙度有较高的请求；
由于体系是通过检测探针对样品进行扫描时的活动轨迹来推知其表面形貌，因此，探针的几何宽度、曲率半径及各向异性都会引起成像的失真（采取探针重建可以部分战胜)
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