电子显微镜（electron microscope），简称电镜，是应用电子来展现物件的内部或表面的显微镜，依据电子光学原理，用电子束和电子透镜取代光束和光学透镜，使物资的细微构造在非常高的放大倍数下成像。
1926年汉斯?布什研制了第一个磁力电子透镜。1931年恩斯特-鲁斯卡和马克斯-克诺尔研制了第一台透视电子显微镜。展现这台显微镜时使用的还不是透视的样本，而是一个金属格。1986年卢斯卡为此获得诺贝尔物理学奖。1938年他在西门子公司研制了第一台贸易电子显微镜。
1934年锇酸被提议用来增强图像的对照度。1937年第一台扫描透射电子显微镜推出。
一开端研制电子显微镜Zui重要的目标是显示在光学显微镜中无法辨别的病原体如病毒等。1949年可投射的金属薄片呈现后资料学对电子显微镜的兴致大增。
1960年代透射电子显微镜的加速电压越来越高来透视越来越厚的物资。这个时代电子显微镜到达了可以辨别原子的才能。
1980年代人们能够应用扫描电子显微镜察看湿样本。1990年代中电脑越来越多地用来剖析电子显微镜的图像，同时应用电脑也可以把持越来越庞杂的透镜体系，同时电子显微镜的操作越来越简略。
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